Уже довольно много времени прошло с последнего нападения óни. Жизнь в Ниндзяго наконец вошла в нужное русло: жители больше не боялись выходить на улицу, ниндзя набрались сил и теперь занимаются лишь тем, что им предоставляет местная полиция. Но стоит вернуться старому злодею, как эта рутина мгновенно прекращается: в городе начинает гулять смертельный вирус, а в команде ниндзя всплывают старые недомолвки и не все готовы мириться с этим.