Прошло 2 месяца с того момента, как Леонардо убил Шреддера. После смерти Сплинтера, черепашки убиты горем, в особенности Лео. Он становится чересчур жёстким и хладнокровным. (Как Лео 2003 в 4м сезоне) К Лео является призрак Сплинтера, который направляет лидера и остальных, к своему старому другу "Старейшему" - Мастеру Фу, который может помочь и духовно исцелить ребят, особенно Леонардо. Монарх(Бражник) повержен. Неизвестный(ая) завладел(а) его талисманом, смогут ли наши герои помешать злу?lg...

Прошло 2 года со времен столетней войны. За это время многое изменилось. Хозяин Огня Зуко изо всех сил пытается править своим народом, но те ему не доверяют. Боятся что он приведет страну Огня в крах. Группировка называющая себя "Орден Нового Озая" пытается сместить Зуко. Но в неожиданный момент на планету Земля вторгается Галактическая Империя. Сокка постоянно сталкивается с головными болями, будто кто-то хочет ему, что-то объяснить.lg...

Четыре ученика Шреддера: Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль приезжают в Нью Йорк, чтобы покончить с Хамато Йоши. Шреддер отправляет их в школу, но планы ребят резко изменились.lg...

AU! В конце третьего сезона Черепашки ниндзя пытались предотвратить побег Шреддера из планеты Земля на планету Утромов. Черепашкам это почти удается, но какой ценой? Они почти побеждены. Шреддер хотел завершить это дело, но ему помешала Карай. Ч'Релл объявил свою приемную дочь предательницей и ударил ее, тем самым вырубив её. Он не желал все так оставлять и замахнулся на нее своими когтями, но ему помешал Чаплин, который сообщил по рации, что они вышли из гипер пространства, но было уже поздно.lg...

А если Шреддер не взял Карай себе, а ее первым нашел Сплинтер. Тогда Сплинтер поехал в Нью-Йорк и зашел в магазин с маленькой Карай на руках, где и купил бы черепах. Но дальше бы всех кроме Карай облили мутагеном. И черепахи с самого детства жили со своей сестрой. Это бы кардинально изменило бы их ...lg...