Спустя год после своего ухода, Итан возвращается к своим пушистым друзьям. Но ему снова придётся столкнутся со злом. Разломы, появившиеся в результате Каскадного резонанса в Чёрной Мезе, стали очередной проблемой помимо Альянса захватившего землю во вселенной Half-Life. Альянс найдя способ путешествовать по вселенным, решают захватить их всех. Но не только "Альянс" будет проблемой для Итана. Старый враг Итана, попавший в альтернативный Ад, нанимает четвёрку киллеров для его устранения.