После того, как Неджи наконец-то оказался свободен, он неожиданно просыпается в яркой комнате, не понимая, что происходит. Первое, что он увидел - зелёные глаза человека, которые удивлённо на него смотрели. Странно, на секунду ему показалось, что он умер. Интересно, что же сможет великий ниндзя в теле покемона?

На Землю надвигается великая угроза, которая заставляет автоботов и десептиконов временно забыть о вражде. Объединив усилия, они преследуют разные цели, но ни одна из сторон не готова уступить этот мир чужому врагу. Что же выйдет из их хрупкого союза? Как автоботы и десептиконы преодолеют свои разногласия и смогут ли они найти общий путь в борьбе за новую, общую цель?