С момента встречи с Черным Нарциссом доктор Эггман втайне восхищается мощью открывшегося ему Темного Соника. Исподволь его гениальный мозг рассчитывает, как можно не только выпускать эту мощь по собственному желанию, но и подчинять. И вот настает момент, когда Соник похищен и подвергается экспериментам. В то же время на Яйценосце тайно зреет оппозиция. Шедоу непоколебим в намерении вспомнить всё, что возможно, и не брезгует никем.